台湾陈水扁要求美国重启军事法庭审理扁案，台湾法务部长王清峰9月29日表示，司法案件应由中华民国法院处理，至于陈水扁自认「美国政府代理人」是否涉及外患罪，最高检察署会调查。 中国时报报导，陈水扁日前委託福尔摩沙法理建国会执行长林志昇，以「前任中华民国流亡政府总统」身分向美国法院控告欧巴马及国防部长盖兹，要欧巴马负起佔领台湾的义务，启动在台仍有效的美国军事法庭，重新审理扁案， 他并愿意为此到美国作证。 王清峰28日上午在立法院司法及法制委员会答复立委吕学樟等人质询时表示，中华民国主权独立，司法案件应由中华民国法院审理，她也没听说过美国在台有军事法庭。至于陈水扁美国委任律师李维日前表示，陈水扁曾任「美国政府代理人」，应视其为美军官员，吕学樟质疑涉及外患罪，王清峰说，陈水扁为全民选出，非美国代理人，但最高法院检察署会再调查他是否犯罪。 此外，高志鹏等立委针对热比娅被拒绝入境一事提出质疑，王清峰表示，权责为内政部所属，讨论过程法务部未参与。