日本政府发言人、内阁官房长官町村信孝6月16日表示，台湾保钓船和海巡船16日上午“无顾再三的警告而发生侵入领海的问题，诚为遗憾。”町村信孝重申宣称“钓鱼岛群岛是日本固有的领土，地区的和平不可受到这次事态的破坏，有关方面有必要冷静因应”，发言中要求台湾方面冷静因应。


共同社报导，6月16日清晨5点50分左右，日本第十一管区海上保安总部（位于那霸）的巡逻船在尖阁诸岛（中国名：钓鱼岛）西南偏西方向约22公里的海域上确认有一艘名为“全家福6号”的台湾抗议船和3艘台湾巡逻船进入了日本领海。


此外还另有6艘台湾巡逻船驶入日本领海，对此日本第十一管区海上保安总部发出了警告。截至上午8点44分左右，10艘台湾船只全部驶离了日本领海。抗议船由沿岸警戒巡逻船陪同的情况十分少见，这样做的目的可能是为了对这起发生在台方主张拥有主权的尖阁诸岛海域的撞船事故表示强烈抗议。


日本政府发言人、内阁官房长官町村信孝16日在记者会上，针对台湾保钓抗议船和海巡船进入日本“领海”一事表示：“无顾再三的警告而发生侵入领海的问题，诚为遗憾。”町村针对日前发生的台湾海钓船遭日本巡逻船撞沉事件表示，日方已向台湾方面和船长等表示遗憾之意，并也表示将今后将好好处理问题，有关沈船事件双方都有问题，宜遵照海上保安厅已发表的调查资料。


日本海上保安部16日指出，保钓船“全家福六号”和三艘台湾的海巡船在16日上午5时50分（台北时间4时50分）左右进入日本“领海”，随后另外6艘海巡船也进入，全部10艘在8时30稍后才离开“领海”。日本媒体报道，这是第一次有外国巡逻船舰进入日本领海，外国巡逻船陪同抗议船是极为特殊，台湾主张钓鱼岛列屿的领土主权，这次的行动反映出台湾对海钓船遭撞沉表示强烈抗议之意。


台湾海巡署表示，在全家福号靠近钓鱼岛约6海可处，日方船舰对空喷水警告，随行保护的台方海巡舰艇也对空喷水。海巡署说，台湾的船队在进入钓鱼台12海可处，遭遇了日方共八艘舰艇，而全家福号则在钓鱼岛0.4海可处绕行全岛一周。


BBC报导说，钓鱼岛（日称尖阁诸岛）的12海可海域，是日本主张的领海范围，据日本NHK新闻网指出，此类活动由外国巡逻艇随行保驾闯入日本领海，实属前所未有。日本内阁官防长官町村信孝说，日方已事先获得情报，并通过外交渠道再三警告并提出建议，但仍发生渔船与台湾巡逻艇侵犯日本领海事件，对此深感遗憾。


虽然日本方面表示愿意赔偿，也向台湾承认撞沉海钓船日方有错，但台湾外交部仍不愿接受。日本的那霸11管区海上保安总部部长那须秀雄昨日召开记者会，坦承日方巡逻艇撞沉台方渔船有过失并躹躬致歉，但其用的词是遗憾，而非道歉。


台湾外交部说，虽然感受到日本表达遗憾的善意，但这种善意与台方的期待有落差，日本应该要明确地道歉。被召回的台湾驻日代表许世楷表示，日方是超过正常程序，提前向台湾表示遗憾，而日本使用遗憾的字词，在国际上的习惯等于是道歉。日方目前以"业务过失往来危险罪"，对撞船事件中的日本巡逻舰长以及台湾渔船船长进行司法调查。


不过执政的国民党显然不接受此前民进党任命的许世楷的说法，并有国民党立委狠批许世楷是台奸，汉奸。台湾方面除了仍要求日本道歉外，海巡署并以伤害罪，业务过失伤害罪，以及毁损船舰罪，将撞沉台湾渔船的日本巡逻舰长堤信行在台湾起诉。与此同时，台湾海军计划在本周三派出军舰，搭载国民党立委前往钓鱼台海域宣示主权。